Počas jari 1993 americké ministerstvo obrany zrušilo program A/F-X, ktorý mal vyplniť medzeru po nerealizovanom lietadle MDD/General Dynamics A-12 Avenger II. Skončil sa tak niekoľkomesačný tvrdý boj medzi dvoma názorovými tábormi, z ktorých jeden presadzoval ľahké viacúčelové lietadlo MRF na nahradenie stíhačiek F-16 a druhý taktický námorný bombardér A/F-X s cieľom nahradiť stroje F-14, F-15E a F-111. Následne na to vznikla myšlienka na spoločné vysoko modulárne lietadlo pre USAF, US Navy aj US Marine Corps, presadzované pod označením JAF (Joint Attack Fighter). Koncept tak priamo kolidoval s programom ASTOVL/SSF, ale keďže sa pri ňom nepočítalo s možnosťou krátkeho štartu a zvislého pristátia, nenašiel si dostatočnú podporu na realizáciu. Predstaviteľom USAF sa však zapáčila myšlienka nahradenia zdvihového dúchadla lietadla ASTOVL prídavnou nádržou. Tak postupne vznikol program CALF (Common Affordable Lightweight Fighter) ktorý plynulo nahradil zrušený MRF. Jeho cieľom bolo podporiť lietadlo ASTOVL a upraviť ho na verziu s konvenčným štartom pre USAF a pre operácie z lietadlovej lode na základe požiadavkov U.S. Navy. Kontrakty boli rozdelené medzi spoločnosti Lockheed a McDonnell Douglas. Čoskoro sa k nim pripojili aj Boeing a Northrop s tým rozdielom, že svoje návrhy si financovali prevažne zo súkromných zdrojov.

Boeing po úvodných štúdiách sústredil svoju pozornosť na tri rozdielne platformy. Prvá predstavovala trojuholníkové lietajúce krídlo, druhá stíhačku s deltakrídlom s vysokou šípovitosťou a motýľovitými chvostovými plochami (na obrázku) a do tretice klasicky riešený stredoplošník s krídlom s lomenou odtokovou hranou.

Z nich nakoniec vznikla finálna konfigurácia AVX‑70 s modifikovaným deltakrídlom, ktoré malo na koncoch vyklonené vertikálne chvostové plochy. Pomerne veľký vstup vzduchu k motoru sa nachádzal pod kokpitom, doplnený v zadnej časti o dvojrozmerne vektorovateľnú výtokovú trysku. Lietadlo bolo dlhé 13,69 metra pri rozpätí krídla 10,97 metra a skladalo sa v podstate len z troch častí: kokpit s avionikou a nasávacím otvorom, krídlo s chvostovými plochami a manévrovacími plochami a nakoniec z trupu. Pritom krídlo predstavovalo jeden samostatný súvislý konštrukčný celok a vrátane interných nádrží s miestom pre 8172 kg paliva prispievalo z 57 % na celkovej prázdnej hmotnosti lietadla. Konieckoncov kvôli ušetreniu hmotnosti boli kompozitné materiály zastúpené z viac ako päťdesiatich percent. Zvolená konfigurácia mala nízky radarový odraz, vysoký vnútorný objem a nosnosť v porovnaní s čelným odporom a dobré letové charakteristiky pri veľkom uhle nábehu. Ako pohonná jednotka bol v roku 1993 vybratý modifikovaný motor Pratt and Whitney F119 a lietadlo dostalo nové označenie Model 988‑201. Pri verzii s charakteristikami STOVL plánovali konštruktéri použiť koncept priameho zdvihu, aplikovaný na úspešnom stroji AV‑8B Harrier.

Ku koncu roka 1994 bol v dôsledku rýchlo sa meniacej situácie vytvorený ďalší „niekoľkopísmenkový“ program JAST (Joint Advanced Strike Technology). Ten vznikol na základe auditu všetkých leteckých vývojových programov, ktorý dal zelenú stíhaciemu bombardéru F-22, námornému F/A-18E/F a spoločnému viacúčelovému ľahkému bojovému lietadlu. Na druhej strane boli zrušené alebo zredukované mnohé iné programy, menovite napríklad A/F-X, Senior Citizen či MRF. Program JAST absorboval obidvoch svojich predchodcov – ASTOVL aj CALF (v tej dobe známy ako ALF). Od mája do októbra prebehla definičná fáza, počas ktorej boli preštudované rôzne návrhy. Výsledkom bol opačný postup pri vývoji. Za základ bola zvolená verzia s konvenčným štartom a pristátím, z ktorej mal byť odvodený variant STOVL pre US Marine Corps, britské kráľovské námorníctvo a talianske námorníctvo a taktiež variant so zväčšeným krídlom pre US Navy. Na rozdiel od predchádzajúcich programov sa už našťastie množstvo spoločných dielov neuvádzalo v percentách, ale bolo definované na prísne racionálnom základe. Medzi dva kľúčové faktory, ktoré ovplyvnili celý nasledujúci priebeh prác možno zaradiť požiadavky jednomiestnej a jednomotorovej koncepcie. V prípade použitia dvoch motorov by nebolo možné dosiahnuť predpokladané ukazovatele ekonomickej prevádzky.

Predpokladalo sa, že lietadlo vo verzii pre USAF bude jednosedadlové, jednomotorové konvenčné úderné stíhacie lietadlo, poháňané motorom odvodeným od motora lietadla ATF (F-22). Verzia pre námorníctvo bude mať rovnaký drak, motor i avioniku ako verzia pre USAF, avšak zmeny sa dotknú krídla, inštalácie záchytného háku a ďalších zariadení pre operácie z paluby lietadlovej lode. Najkomplexnejší a najdrahší variant pre námornú pechotu a britské kráľovské námorníctvo sa vyznačuje hlavne nosným dúchadlom za kokpitom a sklopnou zadnou tryskou. V decembri 1994 boli spoločnostiam Boeing, Lockheed/Martin, McDonnell Douglas (ktorý sa spojil s British Aerospace) a Northrop/Grumman udelené pätnásťmesačné CCDR (Concept Definition and Design Research) kontrakty na rozpracovanie ich návrhov. Čoskoro nato spoločnosti Northrop/Grumman, McDonnell Douglas a British Aerospace vytvorili jednotný tím. Počas jari 1995 všetky tri tímy vybrali pre pohon svojich lietadiel derivát motora Pratt and Whitney F119 (zo stroja F-22). Napriek tomu aj spoločnosť General Electric získala peniaze na štúdie modifikovateľnosti motorov F110 alebo YF120 pre pohon lietadla JAST, aby sa tak zachovala možnosť výberu aj v neskorších fázach programu. Konkrétne a záväzné požiadavky na nové lietadlo boli predložené v marci 1996. V tom čase sa udiala ďalšia podstatná zmena, keď program získal svoje definitívne označenie JSF (Joint Strike Fighter).